MGS: Rising es una crónica acerca de los eventos que resultaron de la transformación de Raiden, el protagonista y personaje jugable de Metal Gear Solid 2: Sons of Liberty; en su ser como ninja cyborg, visto inicialmente en Metal Gear Solid 4: Guns of the Patriots. Metal Gear Solid: Rising toma lugar durante un punto en la cronología de la serie en el cual Raiden ha iniciado ya su transformación en su forma cyborg, aunque con una apariencia un poco más cruel y diferente de la vista en MGS4, y muestra cómo Raiden cambia desde su “ser Rising” en su “ser MGS4.” Matsuyama también dejó ver la posibilidad de que el pasado de Raiden, como un niño soldado, pudiera ser desarrollado en el juego, y que sus debilidades personales como humano serán exploradas.