Peranan utama MQA adalah untuk melaksanakan Kerangka Kelayakan Malaysia (Malaysian Qualifications Framework, MQF) sebagai landasan sistem jaminan kualiti pengajian tinggi dan titik rujukan kriteria dan standard kelayakan kebangsaan. MQA berperanan sebagai badan tunggal yang menyelia dan menyelaras jaminan kualiti dan akreditasi pendidikan tinggi negara.