Saint-Affrique est une commune rurale très vaste (environ 10 fois la taille moyenne des communes françaises de métropole), dont la surface (110 km²) est supérieure à celle de Paris intra-muros. Plusieurs bourgs et villages, dont la population est parfois supérieure à celle des plus petites communes du département (Arnac-sur-Dourdou, Le Viala-du-Pas-de-Jaux) parsèment son territoire :